Pierwszą żoną Jerzego Ficowskiego została w roku 1950 Wanda Komala (1929-2013), córka Anny i Tomasza, zmarłego w obozie Auschwitz-Birkenau żołnierza legionów Piłsudskiego. Absolwentka warszawskiej ASP, graficzka i malarka, autorka wielu wystaw, Wanda Ficowska zilustrowała m.in. trzy książki poety. Ich starsza córka Krystyna Ficowska-Klementewicz jest z zawodu anglistką, młodsza Magdalena Ficowska-Łuszczek – poetką i pisarką.

Od roku 1968 żoną Ficowskiego była Elżbieta Bussold. Urodzona w roku 1942 w getcie warszawskim, przemycona na aryjską stronę dzięki Irenie Sendlerowej, została ona wychowana przez współpracowniczkę Żegoty Stanisławę Bussold, gdy tymczasem rodzice Elżbiety Henia i Josel Koppel (vel Koper) zginęli. Pedagog, autorka książek dla dzieci, działaczka opozycji demokratycznej w PRL odznaczona w 2006 roku Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, w latach 2002-2006 przewodniczyła Stowarzyszeniu Dzieci Holocaustu.

Z małżeństwa obojga urodziła się Anna Ficowska-Teodorowicz, z zawodu psycholog, obecnie prezes Fundacji im. Jerzego Ficowskiego i jej współzałożycielka razem z matką, która zainicjowała powstanie Fundacji.